愛德華與阿爾馮斯兩兄弟為了讓死去的母親復活而使用鍊金術，但是鍊金失敗使愛德華失去了左腳，讓阿爾馮斯失去了肉體。於是愛德用自己的右手作為鍊金的代價，讓阿爾馮斯的魂成功的附在盔甲上，為了取回一切，他們踏上了尋找“賢者之石”的旅程！

愛德、阿爾、霍恩海姆、伊茲米、張梅等人開始與父親大人展開決戰。雖然五人奮力阻止父親大人達成計畫，但實力實在是相差太大，最後還是讓父親大人成功的利用日蝕讓自己得到「神」的力量。但因為霍恩海姆事先做了準備的關係，讓父親大人的計畫沒有完全成功，而正在與布拉德雷交手的斯卡也在打倒敵人之後伸出援手，人類開始對人造人展開反擊！

背景设定在炼金术相当发达的世界。 爱德华·爱力克和他的弟弟阿尔冯斯十分思念亡故的母亲，为了再次见到母亲的微笑，而进行炼金术中最大的禁忌“人体炼成”──亦即让死者复活的炼成术──可是炼成失败时的反弹效应，爱德付出“通行费”左脚、阿尔则失去全身。 为救回弟弟，爱德牺牲自己的右臂作为代价，将弟弟的灵魂固定在一副铠甲上；而失去的右臂和左腿则由钢制义肢“机械铠”来替代，因此在取得国家炼金术师资格时、大总统给予“钢”的称号，人们称之为“钢之炼金术师”。 大陆历1911年，爱力克兄弟为取回他们所失去的一切，开始踏上了旅程。

就在阿爾馮斯與馬可醫生等人對抗普萊德的同時，潛入中央司令部的阿姆斯壯少將與弟弟也正在對抗斯洛烏斯。另一方面，潛入中央地下的愛德華等人，則是在路上碰到恩維。就在這時候，馬斯坦古上校也趕到。馬斯坦古上校在得知恩維就是殺害好友休斯的仇人之後，便以憤怒的火焰對恩維展開猛攻！

人造人們所謂的「約定的日子」即將來臨，但是他們還缺少一位祭品。這時候，他們看上實力堅強的馬斯坦古。本來是想藉由傷害霍克愛來逼迫他進行人體鍊成，但是意志堅定的馬斯坦古卻不願意這麼做。已經沒有時間的人造人只好使出最後的方法，來強迫馬斯坦古打開真理之門…

在經過一振奮戰之後霍恩海姆成功的把普萊德與阿爾馮斯一起困在黑暗中，讓普萊德動彈不得。另一方面，馬斯坦古上校與阿姆斯壯少將也開始分別在中央展開行動，藉此分散敵人的注意力。愛德與霍恩海姆等人決定趁機潛入地下去與「父親大人」進行最後的決戰！

為了迎接「約定的日子」，不只是愛德華兄弟，連馬斯坦古上校等人都開始動起來了！就在這時候，在古拉曼中將的策劃下，大總統與傑利姆失蹤了。大家本來以為這是個好機會，沒想到父親大人居然親自坐鎮中央，而且阿爾馮斯還被人造人普萊德控制…

在阿姆斯壯姐弟與伊茲米夫妻的奮鬥之下，人造人斯洛烏斯終於被打敗並消滅。而帕卡尼亞等布里克斯的將士們也從外圍攻入中央司令部，讓中央司令部幾乎落入布里克斯陣營的手中。沒想到就在這時候，原本被大家以為在列車爆破意外中死亡的大總統─金格．布拉德雷回來了！

愛德華和艾爾凡斯兄弟嘗試用錬金術使死去的媽媽復活。 但是，錬成失敗，愛德華失去左腳和弟弟艾爾凡斯。 他以自己的右手為代價錬成艾爾凡斯的靈魂，並成功將它附在鎧甲上。 這個代價太大了，於是兄弟倆發誓要取回失去的一切……。

(完結篇)愛德、阿爾在眾人的協助之下與「父親大人」展開最後的決戰！雖然「父親大人」展現驚人的力量，讓眾人的攻擊完全傷害不了他，但是大家還是不輕言放棄，繼續展開猛烈的攻勢，終於讓「父親大人」再也壓抑不住體內那個「名為神的東西」。瀕臨崩潰的他，為了再得到更多的賢者之石，而把魔手伸向因為受傷而動彈不得的愛德。為了解救這個愛德的危機，阿爾做出驚人的決定！